Theo đó, từ ngày 13/9, chính phủ Đức tạm thời ngừng mọi chuyến tàu đến và từ nước láng giềng Áo trong 12 giờ, đồng thời ra lệnh cho cảnh sát liên bang hỗ trợ bảo vệ biên giới ở bang Bavaria phía nam. Người nào từ Áo vào Đức cần xuất trình giấy tờ. Các quan chức Đức cho biết sắp tới có thể các nước láng giềng khác của Đức như CH Séc và Ba Lan cũng sẽ bị ảnh hưởng bởi quy định này.

Quy tắc Schengen cho phép một nước có thể tạm thời kiểm soát biên giới trong trường hợp xảy ra tình huống khẩn cấp và Ủy ban châu Âu cho rằng động thái khẩn của Đức phù hợp với quy tắc. Bộ trưởng Nội vụ Đức Thomas de Maiziere cho biết các biện pháp sẽ có hiệu lực một thời gian và cảnh báo xảy ra tình trạng các chuyến đi bị trì hoãn ở biên giới Áo. Tình trạng tắc nghẽn giao thông kéo dài cả km đã xảy ra tại điểm giao cắt giữa hai nước là thành phố Suben của Áo.

Biện pháp trên được Đức coi như một phát bắn cảnh báo với các nước khác ở trong EU. Nó ám chỉ rằng Đức - nước lớn nhất EU và là điểm đến hàng đầu của người di cư, tị nạn - sẵn sàng làm suy yếu hiệp ước về đi lại tự do không cần hộ chiếu ở châu Âu nếu các nước khác không chịu tiếp nhận thêm hàng trăm nghìn người đến từ Trung Đông, châu Phi. Bộ trưởng Nội vụ Đức Thomas de Maiziere gọi động thái kiểm soát biên giới là một tín hiệu gửi cho châu Âu, đồng thời nói rằng chính phủ Đức sẽ thực hiện trách nhiệm nhân đạo. Tuy nhiên, gánh nặng liên quan tới một lượng lớn người tị nạn phải được cả châu Âu đoàn kết gánh vác. Bộ trưởng Kinh tế Đức Sigmar Gabriel nói với tờ Der Tagesspiegel ngày 13/9 rằng: “Sự lười nhác trong khủng hoảng di cư của châu Âu đang bắt đầu đẩy Đức tới gần giới hạn”.

Động thái này là một thay đổi đột ngột so với khi Đức quyết định mở cửa biên giới cách đây hơn một tuần cùng với Áo để cho phép hàng nghìn người di cư vào lãnh thổ của mình sau khi bị chính quyền Hungary chặn lại ở biên giới. Tuy nhiên, khi có tới hàng nghìn người vào Đức mỗi ngày, các chính quyền địa phương cảnh báo rằng họ sắp không cáng đáng nổi lượng người di cư và không còn chỗ cho họ trú ẩn. Do đó, ngoài việc cảnh báo các nước EU khác, biện pháp kiểm soát biên giới được đưa ra một phần nhằm giảm dòng người vào Đức.

Hành động của Đức một lần nữa cho thấy khủng hoảng di cư đang làm rung chuyển châu Âu mạnh cỡ nào. Các bộ trưởng nội vụ EU dự kiến thảo luận đề xuất để phân bố 120.000 người xin tị nạn ra khắp các nước trong khối. Trước đó, EU đã đưa ra đề xuất tái định cư cho 40.000 người xin tị nạn ở Hy Lạp, Italy và có hiệu lực vào ngày 15/9.

Đến nay, Hungary và một số nước khác phản đối cả hai kế hoạch này, nói rằng hạn ngạch sẽ chỉ thu hút thêm người di cư tới châu Âu và ưu tiên đầu tiên của EU nên là bảo vệ biên giới. Trong khi đó, Đức vừa khẳng định vẫn duy trì nguyên tắc người xin tị nạn phải nộp đơn tại nước EU đầu tiên mình đặt chân tới vừa kêu gọi quy định phân bố người di cư đồng đều cho các khối. Ông De Maiziere cho rằng người xin tị nạn phải chấp nhận rằng họ không thể chọn nước EU nào mình thích để tị nạn.