Ngày 9/10, tại Hà Nội, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã phối hợp với 8 hiệp hội, ngành hàng trong lĩnh vực nông nghiệp tổ chức Hội thảo: "Tháo gỡ vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng với ngành nông, lâm, thuỷ sản”.

Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 chính thức có hiệu lực từ ngày 1/7 và đang được triển khai trên thực tế. Tuy nhiên, quá trình thực hiện đã cho thấy có nhiều vướng mắc, bất cập, đặc biệt là trong cách áp dụng quy định thuế đối với các sản phẩm nông sản, lâm sản và thuỷ sản. Trong khi đây là lĩnh vực đóng vai trò chiến lược trong xuất khẩu và an sinh xã hội của Việt Nam.

Phát biểu tại hội thảo, ông Thái Như Hiệp, Phó Chủ tịch Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam (VICOFA), Chủ tịch HĐTV Công ty TNHH Vĩnh Hiệp cho biết, trước năm 2013 khi thực hiện luật thuế giá trị gia tăng (GTGT) 2008 (13/2008/QH12), cà phê nhân là mặt hàng phải kê khai chịu thuế VAT 5% nhưng có nhiều bất cập phát sinh. Với cơ chế tính thuế đặc thù theo phương pháp khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào nhất là hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu đã tạo ra những kẽ hở cho một số đối tượng lợi dụng trục lợi, gian lận gây thiệt hại ngân sách nhà nước cũng như gây khó khăn cho những doanh nghiệp kinh doanh nghiêm túc. 

Năm 2013 Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam đã kiến nghị Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Chính phủ bỏ thuế GTGT cho cà phê nhân xanh. Sau đó Bộ Tài chính đã tổ chức cuộc họp do lãnh đạo Bộ và các cục vụ liên quan để nghe và nắm bắt các kiến nghị của Hiệp hội và sau một thời gian đã được Chính phủ đồng ý thông qua nghị định 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 và nêu giải thích rõ: “Đối với các sản phẩm quy định tại khoản 1 điều 5 Luật thuế GTGT (2008) qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy, bóc vỏ tách hạt…. và các hình thức bảo quản thông thường khác. Như vậy Cà phê nhân xanh (nhân sống) là sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường sau thu hoạch (phơi, sấy, xay sát, tách hạt) nên thuộc đối tượng không kê khai thuế GTGT.

Do đó, việc áp dụng thuế VAT 5% theo luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 đối với cà phê nhân thì sẽ có những bất cập và khó khăn cho các doanh nghiệp tham gia xuất khẩu. Việc thu thuế sau đó lại thực hiện việc hoàn thuế (hầu như cà phê nhân xuất khẩu đóng thuế VAT đều được hoàn thuế) sẽ phát sinh nhiều nhân sự của cơ quan thuế phục vụ cho việc hoàn thuế. Đồng thời cũng phát sinh nhiều chi phí thủ tục hoàn thuế cho doanh nghiệp do thời gian và thủ tục hoàn thuế dài và phức tạp Bên cạnh đó điều kiện hoàn thuế (đại điểm C khoản 9 điều 15 Luật thuế GTGT 48/2024/QH15). 

Đáng nói, thị trường xuất khẩu cà phê Việt Nam gồm các châu lục lớn trên thế giới. Châu lục xa như Châu Âu, Châu Mỹ và Châu Phi thì việc thanh toán tiền hàng có thể kéo dài trên dưới 6 tháng nên để thu được tiền hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp xuất khẩu phải thời gian dài. Trong khi các doanh nghiệp chủ yếu tập trung mua hàng thời gian đầu vụ để đảm bảo nguồn hàng cho các hợp đồng đã ký đồng thời để tồn kho xuất cho cả năm. Do vậy nguồn vốn 5% VAT chưa hoàn được thuế rất lớn gây khó khăn cho doanh nghiệp.

Hầu hết các doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu cà phê đều thu mua cà phê nhân xô nguyên liệu từ các đại lý và thương lái (95%), chỉ khoảng 5% mua trực tiếp từ người nông dân và người lao động, nên rủi ro rất cao khi người mua (các doanh nghiệp xuất khẩu) đã trả tiền thuế GTGT trước cho người bán. Người bán phải có trách nhiệm kê khai và nộp thuế vào ngân sách nhà nước. Đây chính là kẽ hở cho một số đối tượng lợi dụng để trục lợi, gian lận trong hoàn thuế GTGT gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước như giả tạo hồ sơ khống xuất khẩu sử dụng hoá đơn giả, thành lập nhiều doanh nghiệp để tạo giao dịch lòng vòng, thành lập doanh nghiệp chuyên mua bán hoá đơn rồi giải thể…

Trước những bất cập trên, Hiệp hội Cà phê - Ca Cao Việt Nam kiến nghị, Bộ Tài Chính kiến nghị cơ quan có thẩm quyền đưa sản phẩm cà phê nhân xanh thuộc đối tượng không chịu thuế, không phải kê khai nộp thuế trong các khâu thương mại.

Ông Nguyễn Hoài Nam, Tổng thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP), cho biết cùng là sản phẩm nuôi trồng hoặc đánh bắt chưa qua chế biến sâu nhưng doanh nghiệp thuỷ sản phải áp dụng 2 mức thuế khác nhau. "Sự chồng chéo này khiến doanh nghiệp phải tạm nộp thuế và chờ hoàn, trong khi thủ tục hoàn thuế còn phức tạp, gây áp lực lớn về dòng tiền", ông Nam chia sẻ.

Ngoài ra, doanh nghiệp mua nguyên liệu qua vựa phải nộp thuế VAT 5%, nhưng phần thuế này không được ngân hàng giải ngân khi cấp vốn lưu động. Điều này làm tăng chi phí sản xuất, giảm hiệu quả kinh doanh và ảnh hưởng đến sức cạnh tranh của thủy sản Việt Nam trên thị trường quốc tế.

Còn ông Nguyễn Tấn Hiên, Phó chủ tịch Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam, cho rằng việc áp thuế VAT 5% cho nông sản trong đó có hồ tiêu, gia vị bản địa là chưa phù hợp, có thể ảnh hưởng lớn đến việc hoàn thành các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội.

"Từ trước đến nay, vấn đề hoàn thuế gặp muôn vàn khó khăn do thủ tục và quy trình phức tạp, mất thời gian. Mất cả năm mà doanh nghiệp vẫn chưa được lấy lại số tiền thuế để quay vòng vốn kinh doanh, chuẩn bị đơn hàng xuất khẩu", ông Hiên nêu thực trạng.

Một số hiệp hội cũng cho rằng các khái niệm về đối tượng chịu thuế trong luật vẫn chưa rõ ràng. Điều này khiến nhiều doanh nghiệp khó xác định mức thuế phù hợp, sai lệch trong kê khai và ảnh hưởng tới dây chuyền sản xuất.

Phát biểu tại hội thảo, ông Đậu Anh Tuấn, Phó Tổng thư ký Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho biết, doanh nghiệp ngành nông, lâm, thủy sản hiện gặp nhiều khó khăn liên quan đến thuế GTGT, bao gồm: Gánh nặng vốn lưu động do cơ chế nộp trước hoàn sau, khó khăn trong truy xuất nguồn gốc sản phẩm đến từng hộ nông dân, bất cập trong phân biệt hàng hóa chịu thuế và không chịu thuế, gian lận hóa đơn gây ảnh hưởng đến doanh nghiệp làm ăn chân chính và bất cập quy định hoàn thuế.

Ông Đậu Anh Tuấn cho rằng Chính sách thuế VAT mới được kỳ vọng mang lại cải cách tích cực, nhưng nếu các vướng mắc không sớm được hướng dẫn cụ thể, sẽ trở thành rào cản lớn đối với doanh nghiệp. “Những khó khăn mà doanh nghiệp phản ánh không chỉ là vấn đề kỹ thuật pháp lý mà còn liên quan trực tiếp đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh và sự phát triển bền vững của ngành nông nghiệp Việt Nam”, ông Đậu Anh Tuấn nhấn mạnh.

Kết luận tại hội thảo, ông Trần Quốc Khánh - Thường trực Hội đồng Tư vấn chính sách của Thủ tướng Chính phủ, Nguyên Thứ trưởng Bộ Công Thương cũng chia sẻ với những khó khăn mà các doanh nghiệp, ngành hàng đang phải đối mặt trong qúa trình thực thi Luật Thuế giá trị gia tăng mới.

Theo đó, bên cạnh thừa nhận những điểm tích cực được đưa ra taị Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, ông Trần Quốc Khánh cũng chỉ ra những điểm bất hợp lý trong quá trình triển khai. Từ đó, đưa ra hướng giải quyết hợp lý cho các doanh nghiệp, ngành hàng trong thời gian tới, nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp phát triển và đạt được mục tiêu tăng trưởng xuất khẩu, kinh tế năm 2025.