Theo Phó Thủ tướng, ngày 14/6/2019, Bộ Công an đã có văn bản số 465 báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Quốc hội về việc điều tra, xử lý việc sản xuất phân bón của Công ty Thuận Phong. Nội dung chính nêu do Bộ Công Thương, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chưa có văn bản trả lời yêu cầu giám định, cho nên việc xử lý phải chờ kết quả giám định theo quy định của pháp luật.

Sau đó thay mặt Thủ tướng, Phó Thủ tướng thường trực đã có chỉ đạo: Một là Bộ Công an chỉ đạo cơ quan cảnh sát điều tra xử lý vụ việc theo đúng quy định của pháp luật và chịu trách nhiệm trước Quốc hội, Chính phủ về quyết định của mình.  

Thứ hai, yêu cầu Bộ Công Thương, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các cơ quan liên quan thực hiện nghiêm túc ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng thường trực tại văn bản số 518 ngày 23/2/2018 và Văn bản số 2039 ngày 16/7/2018 của Văn phòng Chính phủ.  

Khẩn trương có văn bản gửi các cơ quan Cảnh sát điều tra về kết luận giám định, các vấn đề khác có liên quan theo đề nghị của Viện kiểm sát Nhân dân tối cao và cơ quan điều tra để xử lý dứt điểm vụ việc đúng theo quy định của pháp luật.

Trước đó, Phó Thủ tướng thường trực cũng đã có nhiều cuộc họp với các cơ quan có trách nhiệm liên quan. Theo đó, Phó Thủ tướng đã chỉ đạo các cơ quan đánh giá về kết quả sản xuất của Công ty Thuận Phong xem ở đây có phải là hàng giả hay không? Vụ việc chưa chuyển sang các cơ quan tố tụng mà đang trong giai đoạn xem xét về hành chính; sau đó nhận thấy cần thiết phải có sự giám định.

Cho nên về mặt trách nhiệm của Chính phủ, Phó Thủ tướng cũng đã yêu cầu các bộ, ngành có ý kiến đánh giá, nếu có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì chuyển cơ quan điều tra. Sau đó vụ việc đã chuyển sang cơ quan điều tra để tiến hành các hoạt động theo đúng quy định của pháp luật, trong đó có trưng cầu giám định.  

Khi chuyển sang cơ quan điều tra, Viện kiểm sát cũng đã có trưng cầu giám định và ngày 20/11/2019 Bộ Khoa học và Công nghệ đã có ban hành văn bản số 3721 kèm theo kết quả giám định theo yêu cầu của Cơ quan điều tra Công an tỉnh Đồng Nai.

Ngày 3/4/2020, theo yêu cầu của Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Đồng Nai, cơ quan Cảnh sát điều tra Công an Đồng Nai đã ban hành Quyết định số 05 gửi Bộ Khoa học, Công nghệ trưng cầu giám định bổ sung và ngày 2/11/2020 Bộ Khoa học và Công nghệ đã ban hành Công văn số 3310 kèm theo kết quả giám định bổ sung theo yêu cầu của Cơ quan điều tra Công an tỉnh Đồng Nai.  

Trước đó, ngày 15/4/2020, cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đồng Nai cũng đã nhận được kết luận giám định của Bộ Công Thương. Hiện nay vụ việc đang thuộc thẩm quyền giải quyết của các cơ quan tố tụng hình sự. Bộ Công Thương, Bộ Khoa học và công nghệ đã có kết luận giám định theo yêu cầu của cơ quan tố tụng hình sự.

Bộ Công an chỉ đạo các cơ quan Cảnh sát điều tra phối hợp với ngành Tư pháp đánh giá tài liệu, chứng cứ theo thẩm quyền, phải chịu trách nhiệm giải quyết vụ việc đúng theo quy định của pháp luật, đảm bảo không oan sai, không bỏ lọt tội phạm và chịu trách nhiệm trước Quốc hội, Chính phủ.