Hiện nay, có sự chênh lệch về thuế nhập khẩu giữa các thị trường khác nhau do chúng ta đã ký kết các Hiệp định thương mại tự do (FTA). Đến nay Việt Nam đã ký kết 11 Hiệp định thương mại tự do trong và ngoài khu vực. Theo cam kết tại các Hiệp định thương mại tự do, các mức thuế suất nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với mặt hàng xăng dầu đang trong lộ trình giảm dần.
Theo đại diện Bộ Tài chính, giai đoạn 2016-2020 là giai đoạn mà mức thuế suất nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với các mặt hàng xăng dầu được giảm mạnh. Việc đàm phán ký kết các Hiệp định vào các thời điểm khác nhau nên các mức cam kết cắt giảm thuế suất khác nhau và vào các thời điểm khác nhau. Do đó, việc chênh lệch thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) hiện hành và thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo các Hiệp định FTA là tất yếu, cụ thể là cao hơn.

Nhằm giảm bớt chênh lệch giữa mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) với mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt từ các FTA của mặt hàng xăng dầu, theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 48/2016/TT-BTC ngày 17/3 với hiệu lực thi hành từ ngày 18/3 vừa qua quy định mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đối với xăng dầu như sau:

- Xăng: Giữ nguyên mức 20%, vì mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Biểu Atiga là 20%, chỉ có mức thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Biểu Việt Nam-Hàn Quốc là 10% nhưng là mức mới được quy định. Thực tế xăng nhập khẩu từ Hàn Quốc chưa nhiều và chưa có thông tin về chứng nhận xuất xứ C/O đối với loại hàng hoá nhập khẩu này.

- Các mặt hàng dầu diezen, dầu hoả, mazut, nhiên liệu bay: Giảm từ 10% và 13% xuống 7%. Thực tế hàng hoá nhập khẩu từ Singapore, Hàn Quốc về tới Việt Nam cần tốn thêm khoản chi phí về vận chuyển và bảo hiểm chiếm khoảng 6-7% giá xăng dầu nhập khẩu, tương đương với mức thuế nhập khẩu ưu đãi là 7%.

Theo Bộ Tài chính, việc quy định mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đối với xăng dầu tại Thông tư số 48/2016/TT-BTC nêu trên về cơ bản đã đảm bảo lợi ích của người tiêu dùng, doanh nghiệp và Nhà nước.

Cùng với việc điều chỉnh giảm mức thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) đối với mặt hàng xăng dầu, Bộ Tài chính đã phối hợp với Bộ Công Thương có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ và đã được Thủ tướng Chính phủ đồng ý với phương án xác định mức thuế nhập khẩu tính trong giá cơ sở điều hành giá bán lẻ xăng dầu theo mức bình quân gia quyền của các Biểu thuế (MFN và FTA), tỷ trọng xăng dầu nhập khẩu từ các nước ký Biểu thuế FTA được xác định theo quý (dùng số liệu của quý trước để tính cho quý sau) do Tổng cục Hải quan tổng hợp, xác định qua hệ thống hải quan điện tử (đảm bảo tính chính xác, tin cậy).

Việc dùng mức thuế nhập khẩu bình quân gia quyền sẽ đảm bảo sát với thực tế hàng hoá nhập khẩu từ các nguồn khác nhau của doanh nghiệp xăng dầu, đảm bảo an ninh năng lượng quốc gia và đảm bảo lợi ích của người tiêu dùng, doanh nghiệp và Nhà nước.