Theo Vườn Quốc gia Phú Quốc, phân khu bảo vệ nghiêm ngặt 7.087,37 ha gồm: phân khu bảo vệ nghiêm ngặt thảm cỏ biển 6.658,5 ở phía Đông Bắc đảo Phú Quốc, giới hạn từ phía Nam cảng Đá Chồng đến mũi Cây Sao, cách bờ 0,5 km trở ra phía biển 7 km; phân khu bảo vệ nghiêm ngặt rạn san hô 428,87 ha ở phía Nam đảo Phú Quốc, giới hạn bởi các mốc tọa độ quanh các đảo Hòn Vang, Hòn Xưởng, Hòn Móng Tay, Hòn Gầm Ghì, Hòn Vông, phía Nam Hòn Mây Rút trong, Hòn Trang được giới hạn từ bờ đảo ra phía biển từ 100 - 500 m, riêng phía Tây Hòn Vang ra phía biển khoảng 800 m.

Tiếp đến, phân khu phục hồi sinh thái 11.537,51 ha gồm: phân khu phục hồi sinh thái thảm cỏ biển 11.362,83 ha với 2 khu vực chính nằm ở phía Đông Bắc đảo Phú Quốc; phân khu phục hồi sinh thái rạn san hô 174.68 ha nằm ở phía Nam đảo Phú Quốc, gồm khu vực qua các mốc tọa độ nằm phía Tây - Tây Nam Hòn Rõi, phía Bắc Hòn Thơm; các khu vực nằm xen kẽ với phân khu bảo vệ nghiêm ngặt tại Hòn Vang, Hòn Xưởng, Hòn Móng Tay, Hòn Gầm Ghì, Hòn Vông và phía Bắc Hòn Mây Rút trong từ bờ đảo ra phía ngoài 84 - 120 m tùy từng vị trí.

Cùng với đó là phân khu dịch vụ - hành chính 9.817,02 ha gồm: phân khu dịch vụ - hành chính thảm cỏ biển 1.212 ha ở phía Đông Bắc đảo Phú Quốc, là khu vực từ bờ đảo ra phía biển 0,2 km qua các mốc tọa độ từ Mũi Dương (Bãi Thơm) đến phía Bắc cảng Đá Chồng và 0,5 km từ phía Nam cảng Đá Chồng xuống đến phía Bắc cầu Cảng vận tải hành khách Bãi Vòng; phân khu dịch vụ - hành chính rạn san hô 8.605,02 ha, ở phía Nam đảo Phú Quốc, gồm phạm vi diện tích mặt nước các luồng tàu từ ngoài vào trong bờ qua các mốc tọa độ tại Hòn Vang, Hòn Xưởng, Hòn Gầm Ghì, Hòn Vông và Hòn Mây Rút trong cùng với khu vực biển bao quanh bên ngoài phân khu bảo vệ nghiêm ngặt và phục hồi sinh thái của các đảo phía nam An Thới. Mỗi luồng tàu chiều rộng 50 m được bố trí ở khu vực có rạn san hô phân bố thưa thớt và ít sóng gió, nhằm tạo điều kiện xây dựng cầu cảng nhỏ phục vụ việc phát triển các hoạt động du lịch sinh thái trên đảo, giảm thiểu các tác động đến những khu vực rạn xung quanh.

Ngoài ra, Khu Bảo tồn biển Phú Quốc còn thiết lập vùng đệm 12.467,57 ha nhằm hạn chế các tác động trực tiếp của các hoạt động kinh tế - xã hội từ bên ngoài vào vùng bảo tồn san hô và thảm cỏ biển.

Tỉnh xây dựng hoàn chỉnh các mô hình liên doanh, liên kết giữa Vườn Quốc gia Phú Quốc và các bên liên quan trong Khu Bảo tồn biển Phú Quốc bao gồm: mô hình liên doanh, liên kết với doanh nghiệp du lịch được giao dự án trên các đảo; mô hình liên doanh, liên kết với doanh nghiệp tham gia phục hồi và tái tạo nguồn lợi thủy sản kết hợp hoạt động du lịch trên vùng nước; mô hình cộng đồng tham gia quản lý và sử dụng bền vững tài nguyên…

Tỉnh nghiên cứu ứng dụng các công nghệ mới, nhằm phục hồi sinh cư (san hô) và các nhóm nguồn lợi quan trọng trong các hệ sinh thái (bàn mai, bào ngư, hải sâm cát, ốc đụn, cá ngựa…), góp phần gia tăng quần đàn sinh sản, tăng sinh khối và khả năng bổ sung tự nhiên, tăng sản lượng khai thác bằng phương thức nuôi tự nhiên thân thiện với môi trường. Tỉnh đẩy nhanh quá trình phục hồi hệ sinh thái cũng như tái tạo nguồn lợi, duy trì hoạt động nghề cá và tạo sinh kế mới cho cộng đồng ở khu vực Khu Bảo tồn biển Phú Quốc và lân cận.

Cùng với đó, các ngành chức năng tỉnh tăng cường hoạt động truyền thông, giáo dục nâng cao nhận thức của cộng đồng về Khu bảo tồn biển Phú Quốc, phát triển mạng lưới các khu duy trì nguồn giống thủy sản, quản lý chặt chẽ hoạt động khai thác đánh bắt, phục hồi hệ sinh thái, nguồn lợi tạo những điểm đến mới cho du lịch, quan trắc tài nguyên và môi trường, tạo sinh kế cho cộng đồng, xây dựng cơ chế tài chính bền vững, đào tạo, nâng cao nguồn nhân lực…