Hiện các chợ tạm như Mậu Lâm, Thanh Giã, một số chợ tạm và điểm buôn bán tự phát gần Khu công nghiệp Khai Quang (phường Khai Quang) đã được dẹp bỏ. Các chợ  tạm, điểm buôn bán tự phát ở các phường Liên Bảo, Đống Đa, Hội Hợp và xã Định Trung… cũng cơ bản được xóa bỏ. Sau khi xóa bỏ chợ "cóc", chợ tạm, điểm buôn bán tự phát, chính quyền địa phương đã vận động các hộ kinh doanh đến buôn bán tại các điểm kinh doanh được phép, hoặc chuyển đổi phương thức kinh doanh phù hợp.
 
Việc dẹp bỏ các chợ tạm, chợ "cóc", điểm buôn bán tự phát… tại đô thị Vĩnh Yên khiến đường phố sạch sẽ, khang trang hơn. Vấn đề rác thải, nước thải do các chợ tự phát trước đây tràn trên đường phố, nay không còn xảy ra. Tình trạng mua, bán đồ ăn uống tại các chợ tạm, các điểm tự phát gần các trường học, khu công nghiệp thường xuyên gây mất trật tự và ách tắc giao thông, đến nay cũng cơ bản được khắc phục. Người có hoàn cảnh khó khăn, lang thang, cơ nhỡ… tại các điểm chợ tạm, điểm buôn bán tự phát, được đưa về gia đình, hoặc chuyển đến Trung tâm Bảo trợ xã hội…
 
Để tạo điều kiện cho các hộ gia đình, cơ sở buôn bán kinh doanh phát triển các loại hình dịch vụ theo hướng hiện đại, văn minh, những năm gần đây thành phố Vĩnh Yên đã quy hoạch, huy động nguồn lực để xây dựng hàng chục siêu thị, trung tâm thương mại lớn, nhỏ, đáp ứng nhu cầu của người dân.

UBND thành phố Vĩnh Yên đã đầu tư xây dựng chợ Vĩnh Yên quy mô lớn hơn trước, với gần 1.200 điểm kinh doanh, đáp ứng nhu cầu buôn bán của hàng trăm tiểu thương và nhu cầu mua sắm hàng hóa tiêu dùng của người dân, đảm bảo thẩm mỹ, an toàn, văn minh đô thị...