Nguyên nhân chính do ngay từ đầu năm, thời tiết nắng nóng gay gắt, độ mặn nguồn nước sông Tiền tăng cao đột ngột và kéo dài, môi trường nước không ổn định nên ngành nông nghiệp tỉnh khuyến cáo nông dân chậm thả con giống thủy sản vào thời điểm từ tháng 1 - 2.

Nhưng do thời tiết, môi trường nước bất lợi, sự chênh lệch nhiệt độ giữa ngày và đêm làm môi trường nước trong ao không ổn định đã gây thiệt hại cho tôm nuôi của tỉnh trong 3 tháng đầu năm với số lượng trên 560 triệu con tôm sú và tôm thẻ chân trắng với diện tích gần 720 ha. Tôm chết hầu hết do bị nhiễm bệnh đốm trắng, hoại tử gan tụy và bệnh đường ruột.

Hiện tại thời tiết và độ mặn nước sông đã giảm nên ngành nông nghiệp tỉnh đang khuyến khích nông dân nuôi thủy sản vùng nước mặn và lợ tập trung vệ sinh ao nuôi để thả con giống để đảm bảo theo lịch thời vụ thả nuôi thủy sản năm 2020.

Từ đầu tháng 4 đến nay, nông dân ở các vùng ngập mặn thuộc huyện Cầu Ngang, Châu Thành, Duyên Hải, Trà Cú và thị xã Duyên Hải đang tập trung thả nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng, cua biển, nghêu, sò huyết, với số lượng hơn 240 triệu con giống; trong đó,  số lượng tôm sú, tôm thẻ chân trắng chiếm 226 triệu con.

Tính đến nay, mùa vụ nuôi trồng thủy sản vùng ngập mặn trong tỉnh Trà Vinh đã thả nuôi được hơn 815 triệu con tôm sú giống và gần 1,5 tỷ con tôm thẻ chân trắng trên tổng diện tích gần 15.500 ha. Ngoài ra, nông dân còn thả nuôi được hơn 170 triệu con cua biển giống, với diện tích gần 12.500 ha.