Theo Thông tư này, đối tượng áp dụng là cán bộ, công chức, viên chức, lao động hợp đồng theo quy định của pháp luật làm việc tại các cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, các tổ chức hội sử dụng kinh phí do ngân sách nhà nước hỗ trợ.

Công tác phí để trả cho người đi công tác trong nước, bao gồm: Chi phí đi lại, phụ cấp lưu trú, tiền thuê phòng nghỉ nơi đến công tác, cước hành lý và tài liệu mang theo để làm việc (nếu có). Thời gian được hưởng công tác phí là thời gian công tác thực tế theo văn bản phê duyệt của người có thẩm quyền cử đi công tác hoặc giấy mời tham gia đoàn công tác (bao gồm cả ngày nghỉ, lễ, tết theo lịch trình công tác, thời gian đi đường).

Theo thông tư, hàng loạt các mức công tác phí, phụ cấp lưu trú, thanh toán theo mức khoán hoặc thực tế... cho cán bộ, công chức sẽ được tăng lên. Trong đó, mức phụ cấp lưu trú để trả cho người đi công tác là 200.000 đồng/ngày (theo Thông tư 97/2010/TT-BTC là 150.000 đồng/ngày).

Cán bộ, công chức, viên chức và người lao động ở đất liền được cử đi công tác làm nhiệm vụ trên biển, đảo thì được hưởng mức phụ cấp lưu trú: 250.000 đồng/người/ngày thực tế đi biển, đảo (áp dụng cho cả những ngày làm việc trên biển, đảo, những ngày đi, về trên biển, đảo). 

Thanh toán tiền thuê phòng nghỉ được thực hiện theo hình thức khoán hoặc theo hóa đơn thực tế; trong đó, thanh toán theo hình thức khoán cũng được tăng lên. Cụ thể: Với lãnh đạo cấp Bộ trưởng, Thứ trưởng và các chức danh lãnh đạo có hệ số phụ cấp chức vụ từ 1,25 trở lên, mức khoán: 1.000.000 đồng/ngày/người, không phân biệt nơi đến công tác.

Đối với các đối tượng cán bộ, công chức, viên chức và người lao động còn lại: Đi công tác ở quận, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương và thành phố là đô thị loại I thuộc tỉnh, mức khoán: 450.000 đồng/ngày/người; Đi công tác tại huyện, thị xã thuộc thành phố trực thuộc trung ương, tại thị xã, thành phố còn lại thuộc tỉnh, mức khoán: 350.000 đồng/ngày/người; Đi công tác tại các vùng còn lại, mức khoán: 300.000 đồng/ngày/người. Theo quy định cũ, mức khoán thấp nhất là 200.000  và cao nhất là 350.000 đồng/ngày tùy vào nơi đến.

Những trường không được thanh toán công tác phí gồm: Thời gian điều trị, điều dưỡng tại cơ sở y tế, nhà điều dưỡng, dưỡng sức; Những ngày học ở trường, lớp đào tạo tập trung dài hạn, ngắn hạn đã được hưởng chế độ đối với người đi học.

Những ngày làm việc riêng trong thời gian đi công tác hoặc những ngày được giao nhiệm vụ thường trú hoặc biệt phái tại một địa phương hoặc cơ quan khác theo quyết định của cấp có thẩm quyền, cán bộ, công chức cũng không được thanh toán công tác phí.

Trường hợp người đi công tác được cơ quan, đơn vị nơi đến công tác bố trí phòng nghỉ không phải trả tiền, thì người đi công tác không được thanh toán tiền thuê phòng nghỉ. 

Trường hợp phát hiện người đi công tác đã được cơ quan, đơn vị nơi đến công tác bố trí phòng nghỉ không phải trả tiền nhưng vẫn đề nghị cơ quan, đơn vị cử đi công tác thanh toán tiền thuê phòng nghỉ, thì người đi công tác phải nộp lại số tiền đã được thanh toán cho cơ quan, đơn vị đồng thời phải bị xử lý kỷ luật theo quy định của pháp luật về cán bộ, công chức, viên chức và người lao động.