Theo Kết luận thanh tra, việc chuẩn bị đầu tư có một số sai sót như: cho phép lập dự án trước khi Chính phủ chấp thuận chủ trương, phê duyệt dự án trước khi có báo cáo đánh giá tác động môi trường được duyệt, phải bổ sung thay đổi nhiều hạng mục công việc ảnh hưởng đến tiến độ và giá thành dự án, quá trình thực hiện phải thay đổi thiết kế cơ sở…

Cùng đó, nhiều yếu tố kỹ thuật được lựa chọn chưa đáp ứng tiêu chuẩn kỹ thuật đường sắt khổ 1435 mm. Với các thông số kỹ thuật như: hồ sơ thiết kế chỉ đáp ứng được nhu cầu khai thác hiện nay; không đáp ứng được yêu cầu đoàn tàu thiết kế và tương lai tuyến đường sắt Trảng Bom – Hoà Hưng, đoàn tàu không khởi động được khi lên dốc.

Việc khảo sát, thiết kế cơ sở luồng tuyến sông Sài Gòn sơ sài, thiếu nhiều số liệu khảo sát dẫn tới hồ sơ thiết kế sơ sài, không sát với thực tế, không khả thi trong quá trình thực hiện, phải điều chỉnh thay đổi giải pháp thiết kế, bổ sung các khối lượng khảo sát địa chất, địa hình, thay đổi giá trị gói thầu.

Về lựa chọn nhà đầu tư, dự án cầu đường sắt Bình Lợi là công trình cấp I, nhưng hồ sơ chỉ yêu cầu năng lực nhà đầu tư thi công công trình giao thông cấp II. Hợp đồng BOT dự án chưa căn cứ đủ cơ sở pháp lý như Luật Đường sắt, các Nghị định, Thông tư hướng dẫn thi hành Luật Đường sắt; không xây dựng phương án thu phí, tính phí quản lý thu phí hàng năm chiếm 4,8% giá trị thu phí hàng năm là chưa phù hợp.

Việc lựa chọn nhà thầu còn có một số tồn tại, không đảm bảo tiêu chí, năng lực theo hồ sơ yêu cầu. Dự án bị chậm tiến độ tới 17 tháng so với hợp đồng BOT, nhưng doanh nghiệp dự án, tư vấn quản lý dự án, tư vấn giám sát và các nhà thầu thi công chưa phân tích, đánh giá các nguyên nhân để có giải pháp đẩy nhanh tiến độ thi công, điều chỉnh tiến độ, giá trị xây lắp cũng như các chi phí quản lý dự án, chi phí tư vấn…

Đáng chú ý, khi kiểm tra hiện trường, Đoàn thanh tra của Bộ Giao thông Vận tải phát hiện có 3 biển báo hiệu bị nghiêng, 2 trụ phao neo bị đứt xích, không có mặt tư vấn giám sát trưởng, tư vấn giám sát vật liệu, thiết bị máy hàn tự động không có chứng nhận kiểm định hợp quy, cốt thép D32 ngàm liên kết giữa các đoạn tường chắn bố trí không đều…

Bộ Giao thông Vận tải khẳng định, Cục đường thuỷ nội địa Việt Nam, Chi cục Đường thuỷ nội địa phía Nam chịu trách nhiệm trong lập, phê duyệt phương án điều tiết chống va trôi, đảm bảo giao thông. Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam cũng chịu trách nhiệm về những tồn tại trong lập, thẩm định, phê duyệt bản vẽ thi công, dự toán.

Công ty TNHH Đầu tư BOT Bình Lợi chịu trách nhiệm về việc lựa chọn các đơn vị tư vấn, nhà thầu thi công. Ban Quản lý dự án 7 chịu trách nhiệm về quản lý chất lượng, hiện trường, hồ sơ công trình. Trong khi đó, nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án chịu trách nhiệm trong việc góp vốn chủ sở hữu chậm, sử dụng vốn chủ sở hữu không đúng mục đích.

Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam tiến hành kiểm điểm, xem xét đánh giá trách nhiệm các tổ chức, cá nhân liên quan trong việc lập, trình duyệt dự án và triển khai thực hiện dự án từ gian đoạn khởi công đến thời điểm thanh tra (ngày 5/9/2017).

Vụ Đối tác công tư (Bộ Giao thông Vận tải) tham mưu cho Bộ Giao thông Vận tải phương án thu phí phù hợp, đảm bảo việc thu phí đúng đối tượng sử dụng dịch vụ, hài hoà lợi ích Nhà nước, chủ đầu tư và xã hội. Công ty TNHH Đầu tư BOT Bình Lợi chỉ đạo đơn vị tư vấn thiết kế khẩn trương hoàn thiện hồ sơ bản vẽ thi công, lựa chọn nhà thầu tham gia dự án, khắc phục tình trạng chậm tiến độ dự án, tăng cường quản lý chất lượng, đặc biệt công tác gia công, chế tạo, lắp thử, lao lắp dầm thép L=101,5m cầu đường sắt Bình Lợi.

Bộ Giao thông Vận tải giao Vụ Đối tác công tư, Ban Quản lý dự án 7, nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án tính toán lại thời gian thu phí hoàn vốn dự án, ký phụ lục hợp đồng BOT điều chỉnh; trong đó, loại bỏ giá trị dự án so với hợp đồng BOT đã ký kết là 229,7 tỷ đồng, xác định lại khối lượng vận tải phù hợp với thực tế đảm bảo giao thông thủy, xây dựng phương án thu phí phù hợp.

Ngoài ra, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu các đơn vị tham gia thực hiện dự án phải tuân thủ nghiêm chỉ dẫn kỹ thuật, các quy trình, quy định hiện hành. Đồng thời, bố trí cán bộ tư vấn giám sát đúng chuyên môn, có kinh nghiệm, thường xuyên có mặt tại công trường; có biện pháp khắc phục lắp thử hệ dầm, dàn trước khi lao lắp để đánh giá, rút kinh nghiệm, tránh các sự cố trong thi công. Cùng đó, kiểm tra đánh giá lại quan trắc dọc thiết kế đường sắt đảm bảo đúng quy định; cần nghiên cứu kỹ về địa chất lòng sông Sài Gòn…

Dự án đầu tư xây dựng công trình cải tạo nâng cấp luồng sông Sài Gòn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc động thổ từ ngày 28/4/2015 do liên danh Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Đô thị xanh - Công ty cổ phần đầu tư và xây dựng STD Việt Nam làm chủ đầu tư. Hiện dự án bị chậm tiến độ tới 17 tháng.

Tổng mức đầu tư của dự án là 1.302 tỷ đồng. Theo thiết kế, dự án sẽ bao gồm hai hạng mục chính là nâng chiều cao thông thuyền tại cầu đường sắt Bình Lợi lên 7m, đảm bảo cho các phương tiện thủy trọng tải lớn hơn 300 tấn lưu thông thuận tiện và cải tạo 71 km luồng sông Sài Gòn từ cầu đường sắt Bình Lợi đến cảng Bến Súc (huyện Dầu Tiếng, Bình Dương).

Đây là dự án đường thủy nội địa đầu tiên áp dụng hình thức BOT. Sau khi hoàn thành sẽ khơi thông luồng sông Sài Gòn cho các tàu có tải trọng lớn hơn ra, vào được thuận lợi, góp phần lưu thông hàng hóa, bảo đảm an toàn giao thông đường thủy của TP Hồ Chí Minh, các tỉnh Bình Dương, Bình Phước nói riêng và khu vực Đông Nam Bộ nói chung.