Đánh giá về nguyên nhân chủ quan, Bộ Giao thông Vận tải cho hay, dự án có thiết kế cơ sở ban đầu sơ sài, chưa lường hết quy mô, tính chất, công năng, nên phải điều chỉnh tại bước thiết kế kỹ thuật; chờ Nhà Tài trợ phê duyệt hợp đồng, cấp hiệu lực cho Hiệp định vay vốn bổ sung kéo dài. 

Ngân hàng xuất nhập khẩu Trang Quốc (China Eximbank) là Cơ quan quản lý, cung cấp nguồn vốn vay không thiết lập đại diện thường trú tại Việt Nam, ảnh hưởng đến hiệu quả điều hành cấp vốn thực hiện Dự án;

Tập đoàn Cục 6 Đường sắt Trung Quốc (Tổng thầu EPC) chưa có kinh nghiệm trong triển khai thực hiện Dự án tổng thể theo hình thức hợp đồng EPC, đồng thời chưa thực hiện theo đúng cam kết về tiến độ, thiếu kinh nghiệm trong việc thiết kế; 

Bên cạnh đó, cách thức triển khai thực hiện Dự án ở mỗi nước có sự khác biệt, đặc biệt là cách thức lập Hồ sơ thiết kế, nghiệm thu thanh toán. Trong khi đây là lần đầu tiên Tổng thầu Trung Quốc thực hiện dự án tại Việt Nam, dẫn đến việc quản lý điều hành của Tổng thầu còn nhiều lúng túng và bất cập.

Đồng thời, việc giải ngân của Hiệp định vay bổ sung gặp nhiều vướng mắc do các bên chưa thống nhất được ý kiến pháp lý (Hiệp định vay bổ sung được ký tháng 5/2017, nhưng phải tới tháng 12/2017 mới thống nhất được ý kiến pháp lý, tháng 4/2018 mới thống nhất được 13 điều kiện cho lần giải ngân đầu tiên của dự án). 

Về nguyên nhân khách quan, Bộ Giao thông Vận tải cho rằng, việc giải phóng mặt bằng tại Hà Nội rất chậm và phức tạp, không đáp ứng được yêu cầu của công tác khảo sát thiết kế kỹ thuật. Do yếu tố khác biệt về quy định giữa hai quốc gia về tiêu chuẩn kỹ thuật, quy trình, quy phạm trong bước thiết kế, thi công và dự toán gây khó khăn trong công tác điều hành, tổ chức thực hiện; 

Hệ thống quy định của pháp luật hiện hành của Việt Nam về thực hiện hợp đồng EPC chưa đầy đủ, đồng bộ, đặc biệt là quy định về tính trọn gói giữa các yếu tố kỹ thuật, tài chính, thủ tục, thẩm quyền phê duyệt điều chỉnh Dự án. 

Sự kiện Trung Quốc hạ đặt giàn khoan HD981 trong thềm lục địa của Việt Nam đầu tháng 5/2014 ảnh hưởng trực tiếp đến thực hiện dự án khiến mất hơn 1 năm hạn chế các hoạt động xây dựng của Tổng thầu.

Ngoài ra, tổng lạm phát trong giai đoạn thực hiện (2008-2011) lên tới 49,83%, đã ảnh hưởng lớn đến giá nhân công, vật tư, vật liệu xây dựng.

Sau khi liệt kê các nguyên nhân trên, Bộ Giao thông Vận tải đã nhận trách nhiệm chỉ đạo về mình trên cương vị chủ đầu tư, trách nhiệm trực tiếp là của Ban Quản lý dự án Đường sắt.

Bên cạnh đó, tư vấn thiết kế chịu trách nhiệm về chất lượng lập dự án đầu tư, tư vấn giám sát chịu trách nhiệm trong công tác giám sát; UBND Tp. Hà Nội chịu trách nhiệm về giải phóng mặt bằng chậm. 

Đáng chú ý dù dự án đường sắt đô thị Cát Linh – Hà Đông chậm tiến độ nhiều năm, nhưng Bộ Giao thông Vận tải vẫn cho rằng, tới nay, dự án vẫn có nguy cơ kéo dài do một số nội dung Tổng thầu không thực hiện theo chỉ đạo của Bộ. Bộ Giao thông Vận tải đã tổng hợp báo cáo Chính phủ, các bộ ngành liên quan để chỉ đạo giải quyết.

Cùng với đó, Bộ Giao thông Vận tải đã chỉ đạo Ban Quản lý dự án Đường sắt chủ động rà soát các điều khoản trong hợp đồng EPC, xác định rõ trách nhiệm của Tổng thầu và các bên liên quan để xử lý, giải quyết các khiếu kiện trong trường hợp cần thiết, phù hợp với điều kiện của hợp đồng EPC.

Dự án đường sắt đô thị Cát Linh – Hà Đông sử dụng vốn vay ODA Trung Quốc, với điều kiện chỉ định Tổng thầu EPC là Công ty Hữu hạn Tập đoàn Cục 6 đường sắt Trung Quốc thực hiện. Tư vấn giám sát là Công ty TNHH giám sát xây dựng Viện nghiên cứu thiết kế công trình đường sắt Bắc Kinh (Trung Quốc).

Chủ đầu tư là Bộ Giao thông Vận tải (Ban Quản lý dự án đường sắt được giao trực tiếp quản lý dự án, đại diện chủ đầu tư).

Đường sắt đô thị Hà Nội tuyến Cát Linh-Hà Đông có chiều dài tuyến đi trên cao là 13,5 km (từ Cát Linh đi Hà Đông), khổ đường 1.435 mm và 12 nhà ga trên cao. Đoàn tàu chạy với vận tốc thiết kế tối đa 80 km/giờ, vận tốc bình quân khai thác 35 km/giờ, khai thác với tần suất vận chuyển khoảng 2 phút/chuyến. 

Dự án có tổng mức đầu tư sau điều chỉnh là 886 triệu USD (khoảng hơn 20.000 tỷ đồng). Dự kiến ban đầu đưa vào khai thác năm 2016 nhưng phải điều chỉnh lùi tiến độ nhưng đến nay vẫn chưa đưa vào khai thác thương mại.