Phát biểu tại lễ ký kết, Phó Thủ tướng, Trưởng ban Chỉ đạo Tây Nam bộ Vương Đình Huệ cho biết: Việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ rất cần có sự phối hợp chặt chẽ của các bộ, ban, ngành Trung ương. Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương quản lý tất cả các đảng bộ của các bộ, ban, ngành Trung ương, trong đó có Đảng bộ của Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ.
Phó Thủ tướng mong muốn Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ và Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương sẽ phối hợp tốt để thực hiện nghiêm túc quy chế. Về phía Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ sẽ thực hiện nghiêm túc các điều khoản đã ký kết, hàng năm phối hợp với Đảng bộ Ban xây dựng chương trình, kế hoạch công tác rất cụ thể để cùng với các đảng bộ các cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố khu vực Tây Nam bộ tạo thành sức mạnh tổng hợp của Ban Chỉ đạo, từ đó thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo ngày càng tốt hơn, thúc đẩy hơn nữa sự phát triển kinh tế xã hội, quốc phòng an ninh và các lĩnh vực khác trên địa bàn.

Theo quy chế phối hợp, Đảng ủy Khối cơ quan Trung ương và Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ sẽ phối hợp trong việc tổ chức cho Đảng ủy Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ quán triệt và triển khai thực hiện các nghị quyết, chỉ thị, kết luận của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước, thúc đẩy việc thực hiện nhiệm vụ chính trị và tăng cường công tác xây dựng Đảng, công tác cán bộ, lãnh đạo các đoàn thể, xây dựng tổ chức đảng trong sạch, vững mạnh, xây dựng cơ quan, đơn vị và đoàn thể chính trị -xã hội vững mạnh toàn diện...