Theo một tuyên bố của MSF, lúc 2h10 (giờ địa phương), trung tâm điều trị của tổ chức này đã liên tiếp bị trúng bom và bị phá hủy nghiêm trọng. Nhiều bệnh nhân và nhân viên của bệnh viện vẫn mất tích. Tại thời điểm ném bom, khoảng 105 bệnh nhân và người nhà cũng như hơn 80 nhân viên trong và ngoài nước đang có mặt tại bệnh viện.

Bộ quốc phòng Afghanistan bày tỏ chia buồn về vụ việc trên, đồng thời nói rằng một nhóm khủng bố được trang bị vũ khí đang lợi dụng bệnh viện làm nơi tấn công lực lượng Afghanistan và dân thường. Trong khi đó, lực lượng Mỹ tại Afghanistan khẳng định sẽ điều tra xem liệu lực lượng Mỹ có liên quan đến vụ không kích vào bệnh viện trên không. Tuyên bố của lực lượng Mỹ tại Afghanistan cho hay lực lượng này đã tiến hành một cuộc không kích tại thành phố Kunduz nhằm "tiêu diệt các cá nhân đe dọa đến lực lượng", và vụ tấn công có thể đã gây thiệt hại cho một cơ sở y tế gần đó.

Ngày 28/9 vừa qua, phiến quân Taliban đã chiếm một số khu vực ở Kunduz, cách thủ đô Kabul khoảng 250 km về phía Bắc. Được sự yểm trợ của quân đội Mỹ, lực lượng Chính phủ Afghanistan đã bắt đầu chiến dịch phản công từ ngày 1/10. Cảnh sát Kunduz cho biết đến nay, hàng trăm tay súng Taliban đã bị tiêu diệt, trong khi chiến dịch truy quét phiến quân vẫn đang diễn ra trong thành phố.