Theo Quyết định số 243-QĐ/TW ngày 24/1/2025 của Bộ Chính trị, Đảng bộ Chính phủ trực thuộc Ban Chấp hành Trung ương Đảng. Đảng ủy Chính phủ có chức năng lãnh đạo toàn diện việc thực hiện nhiệm vụ chính trị của Chính phủ; công tác tổ chức, cán bộ theo quy định về phân cấp quản lý; công tác xây dựng Đảng, công tác quần chúng trong Đảng bộ Chính phủ.
Đảng bộ Chính phủ gồm các tổ chức đảng ở các bộ (không bao gồm tổ chức đảng Bộ Quốc phòng, Bộ Công an), cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tập đoàn kinh tế, tổng công ty, ngân hàng thương mại nhà nước (gọi chung là doanh nghiệp nhà nước) và các cơ quan chuyên trách tham mưu, giúp việc, cơ quan chuyên trách Đoàn Thanh niên của Đảng ủy Chính phủ.
51 tổ chức đảng trực thuộc Đảng ủy Chính phủ gồm: Đảng bộ Bộ Tư pháp; Đảng bộ Bộ Công Thương; Đảng bộ Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch; Đảng bộ Bộ Ngoại giao; Đảng bộ Bộ Y tế; Đảng bộ Bộ Giáo dục và Đào tạo; Đảng bộ Bộ Tài chính; Đảng bộ Bộ Xây dựng; Đảng bộ Bộ Nông nghiệp và Môi trường; Đảng bộ Bộ Khoa học và Công nghệ; Đảng bộ Bộ Nội vụ; Đảng bộ Ngân hàng Nhà nước; Đảng bộ Thanh tra Chính phủ; Đảng bộ Bộ Dân tộc - Tôn giáo; Đảng bộ Văn phòng Chính phủ; Đảng bộ Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; Đảng bộ Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam; Đảng bộ Đài Truyền hình Việt Nam; Đảng bộ Đài Tiếng nói Việt Nam; Đảng bộ Thông Tấn xã Việt Nam...