Đầu tháng 5/2016, một số phương tiện thông tin đại chúng đã phản ánh trường Trung học phổ thông thành phố Điện Biên Phủ thu những khoản bất hợp lý, không rõ ràng. Ngày 30/5, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Điện Biên đã công bố Kết luận kiểm tra đối với trường. Theo đó, số tiền thu sai quy định từ phụ huynh học sinh của trường lên tới gần 800 triệu đồng.
Kết luận kiểm tra số 929, ngày 23/5/2016 của Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Điện Biên xác nhận những sai phạm của trường Trung học phổ thông thành phố Điện Biên Phủ gồm: Thực hiện sai hướng dẫn của Sở về việc thu phí, lệ phí và các khoản huy động, đóng góp của nhân dân trong các cơ sở giáo dục. Nhà trường chỉ được huy động các khoản đóng góp theo thỏa thuận với cha mẹ học sinh trong công tác nuôi dạy học sinh (tiền ăn, chăm sóc bán trú, nước uống…).
Trong khi đó, trường đã huy động cha mẹ học sinh đóng góp cho cán bộ, giáo viên đi thi hội thi “Tiếng hát người giáo viên năm 2016”. Thực hiện sai nguồn vốn đầu tư đã được Sở phê duyệt, cụ thể việc sửa chữa, cải tạo nhà Ban giám hiệu bằng nguồn vốn do một số cha mẹ học sinh tài trợ, nhưng nhà trường đã thu dưới hình thức cha mẹ học sinh đóng góp theo hình thức bắt buộc đối với mỗi học sinh.
Sở Giáo dục và Đào tạo Điện Biên yêu cầu trường Trung học phổ thông thành phố Điện Biên Phủ tổ chức họp cha mẹ học sinh toàn trường, thông báo Kết luận trên và nhận khuyết điểm, đồng thời trả lại tổng số tiền đã thu là 799.875.000 đồng trước ngày 30/6. Trong đó, trên 70 triệu đồng đã chi cho Hội thi tiếng hát người giáo viên và gần 730 triệu đồng chi cho sửa chữa, cải tạo nhà làm việc Ban giám hiệu; kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm và đề xuất hình thức kỷ luật các cá nhân có liên quan đến việc thực hiện thu sai quy định trên.
Ông Nguyễn Văn Kiên, Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Điện Biên cho biết: Ban giám hiệu trường đã tổ chức họp phụ huynh toàn trường, công khai xin lỗi và cơ bản hoàn trả số tiền đã thu sai, chỉ còn 18 triệu đồng sẽ tiếp tục hoàn trả sau.
Sau sự việc trên, dư luận tỉnh Điện Biên đánh giá cao tinh thần cầu thị của ngành giáo dục và đào tạo tỉnh Điện Biên, nhanh chóng kiểm tra, làm rõ và xử lý sai phạm của đơn vị do ngành phụ trách. Tuy nhiên, nhiều phụ huynh cho biết vấn đề thu sai quy định tại trường này đã xảy ra từ nhiều năm trước, chứ không chỉ trong năm học 2015 - 2016 và đề nghị ngành giáo dục tỉnh tiếp tục kiểm tra, xử lý.