Viện Tài nguyên và Môi trường có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng. Trụ sở chính đặt tại thành phố Hà Nội.
Viện Tài nguyên và Môi trường có chức năng, nhiệm vụ chính: Nghiên cứu khoa học và ứng dụng công nghệ trong lĩnh vực tài nguyên, môi trường và phát triển bền vững; tư vấn và hoạt động dịch vụ liên quan đến lĩnh vực tài nguyên, môi trường và phát triển bền vững; thực hiện hoạt động đào tạo các chuyên ngành liên quan theo quy định pháp luật.
Viện Tài nguyên và Môi trường là tổ chức khoa học và công nghệ công lập hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư.
Biên chế của Viện Tài nguyên và Môi trường được cân đối, điều chỉnh trong tổng biên chế hiện có của Đại học Quốc gia Hà Nội. Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và bổ nhiệm nhân sự lãnh đạo của Viện Tài nguyên và Môi trường theo quy định pháp luật.