Một nhóm các chính trị gia bao gồm cả các cựu bộ trưởng Arlene Foster và David Trimble đã khởi kiện lên Tòa án tối cao với lập luận rằng Nghị định thư này không tương thích với luật hiện hành bao gồm Đạo luật Liên minh 1800, trong đó quy định rằng người dân Ireland phải được hưởng quy chế thương mại như người dân ở phần còn lại của Vương quốc Anh. 

Các nguyên đơn của vụ kiện cáo buộc rằng những người sống ở Bắc Ireland không được hưởng quy chế thương mại hợp pháp khi áp dụng Nghị định thư vì thỏa thuận yêu cầu trả phí đối với hàng hóa đến từ phần còn lại của Vương quốc Anh.

Tuy nhiên, Tòa án Tối cao đã bác bỏ vụ kiện và phán quyết rằng nghị định thư này là hợp pháp. Các thẩm phán cho rằng Quốc hội Anh đã tham gia mạnh mẽ vào quá trình Anh rút khỏi EU và do đó, Chính phủ Anh được phép thiết lập Nghị định thư Bắc Ireland theo Đạo luật Thỏa thuận rút khỏi EU năm 2020.