Các đội bóng được chia thành 2 bảng A và B. Các trận đấu tại bảng A sẽ diễn ra tại Tây Ninh, trong khi bản B sẽ diễn ra tại TP Hồ Chí Minh. Lễ khai mạc, vòng bán kết và trận chung kết sẽ diễn ra tại Tây Ninh.
Lá thăm may rủi đã đưa U17 HAGL vào bảng đấu khó với sự hiện diện của chủ nhà Tây Ninh, Đồng Tháp, SHB Đà Nẵng - đội vô địch U17 Quốc gia năm 2010, đương kim Á quân Viettel và đặc biệt là Sông Lam Nghệ An - đội đã vô địch giải đấu 7 lần liên tiếp (từ 2004 - 2010). Ở bảng B, đương kim vô địch PVF sẽ dễ thở hơn khi chỉ đối đầu với QNK Quảng Nam, Sanatech Khánh Hòa, Đắk Lắk, Long An. Đối thủ được xem là khó chịu nhất với PVF có lẽ là Hà Nội T&T - đội từng gặp họ ở trận chung kết giải đấu năm 2014. Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm để chọn ra hai đội đứng đầu mỗi bảng vào bán kết, chung kết. Đội vô địch sẽ giành cúp, HCV, bảng danh vị cùng tiền thưởng 50 triệu đồng.
Tổng Thư ký VFF Lê Hoài Anh cho biết, Giải bóng đá vô địch U17 Quốc gia là một trong những giải đấu quan trọng trong hệ thống thi đấu bóng đá trẻ Việt Nam, tổ chức từ năm 1998 với tên gọi U18 Quốc gia và chính thức chuyển đổi thành U17 quốc gia từ năm 2006 để chuẩn hóa với hệ thống thi đấu của Liên đoàn Bóng đá châu Á và thế giới. Theo định hướng của VFF, trong những năm qua, công tác đào tạo trẻ đã được các đội bóng, các trung tâm rất chú trọng nên chất lượng của các đội dự giải cũng nâng cao và ngày càng hấp dẫn, đồng thời đóng góp những tài năng trẻ có triển vọng để tiếp tục đào tạo thành lực lượng cầu thủ chuyên nghiệp chất lượng cho nền bóng đá nước nhà, ở cả cấp độ đội tuyển quốc gia và câu lạc bộ.
Trước đó, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam cũng đã tổ chức Lễ công bố nhà tài trợ chính cho giải đấu này. Theo đó, Công ty Thái Sơn Nam tiếp tục đồng hành cùng giải vô địch U17 Quốc gia 2016. Đây là năm thứ 6 nhãn hàng này trở thành nhà tài trợ chính.