Từ ngày 25/1/2013, Bộ GTVT đã có quyết định chuyển đổi chủ đầu tư dự án từ Tổng công ty Đầu tư và Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) sang Ban Quản lý dự án Thăng Long để triển khai. Đầu năm 2013, trên cơ sở đề xuất thực hiện dự án theo hình thức BOT, Bộ GTVT đã có văn bản trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và giao Tổng công ty Đường cao tốc miền Trung Nhật Bản (Nexco Central) thực hiện để đáp ứng tính cấp thiết của dự án.

Theo ông Phạm Thanh Bình, tổng mức đầu tư dự án khoảng 8.500 tỷ đồng, Về mặt tiến độ, giai đoạn dự án sẽ hoàn thành trong năm 2015, giai đoạn II dự kiến hoàn thành vào năm 2023. Thời gian thu phí hoàn vốn của dự án là 24,5 năm. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Nexco Central đã đề nghị Chính phủ Việt Nam hỗ trợ chi phí giải phóng mặt bằng và không ràng buộc các điều kiện về pháp lý cho việc thực hiện giai đoạn II của dự án. Đề nghị này đã không được chấp thuận do không phù hợp với các tiêu chí của dự án, nên đơn vị này quyết định không tiếp tục tham gia dự án.

Ngày 7/4/2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 45 quy định về mức phí của tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ đối với từng đoạn tuyến và từng loại xe như sau: Đoạn tuyến có mức phí thấp nhất là Vạn Điểm - Cầu Giẽ - Hà Nam và ngược lại là 10.000 đồng/lượt (xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn, các loại xe buýt vận tải khách công cộng); đoạn tuyến có mức thu phí cao nhất là Pháp Vân - Cầu Giẽ - Hà Nam và ngược lại là 180.000 đồng/lượt (xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên, xe chở hàng bằng container 40 feet). Theo quy định hiện hành, Thông tư 159/2013 của Bộ Tài chính nêu rõ, khung thu phí đường bộ dao động từ 15.000 – 200.000 đồng/vé lượt tùy phương tiện.

Vì vậy, Bộ GTVT đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ cho phép lựa chọn Liên danh nhà đầu tư CIENCO1 - Minh Phát - Phương Thành tiếp tục triển khai, do đáp ứng được các tiêu chí dự án. Theo hợp đồng BOT đã ký giữa Bộ GTVT và nhà đầu tư, tổng mức đầu tư của dự án là 6.731 tỷ đồng (giảm trên 1.700 tỷ đồng) và thời gian thu phí hoàn vốn là 17 năm 3 tháng (giảm gần 7 năm) so với đề xuất trước đó của Nexco Central. Cụ thể, giai đoạn I của dự án có giá trị 1.974 tỷ đồng, với mục tiêu nâng cấp, cải tạo 30 km cao tốc; giai đoạn II mở rộng thêm hai làn xe. 

Trước nhiều luồng ý kiến cho rằng, chi phí nâng cấp cải tạo 1 km cao tốc Pháp Vân – Cầu Giẽ xấp xỉ 70 tỷ đồng, bằng hơn nửa so với giá thành đầu tư mới 1 km đường của dự án là quá cao, ông Trần Tuấn Hưng, Phó Tổng giám đốc Công ty Cổ phần Đầu tư BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ (đại diện nhà đầu tư) khẳng định: Mức thu phí 1.500 đồng/km của cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ nằm trong khung khung quy định. Việc xây dựng các mức phí của tuyến đường căn cứ vào nhiều yếu tố như: Tổng mức đầu tư lưu lượng phương tiện, tỷ lệ vốn chủ sở hữu/vốn vay lãi vay, trượt giá, chi phí duy tu bảo trì… đã được Bộ GTVT phê duyệt phương án tài chính trên cơ sở tham khảo ý kiến của các Bộ Tài chính, Kế hoạch đầu tư và UBND TP Hà Nội. 

Ông Phạm Thanh Bình cũng cho hay: Trong thời gian thu phí, nhà đầu tư phải tiến hành công tác duy tu, bảo trì tuyến đường theo các điều khoản trong hợp đồng, kể cả khi bàn giao công trình cho Nhà nước cũng có các điều kiện ràng buộc khắt khe chứ không thể có chuyện doanh nghiệp hoàn vốn xong là bỏ của chạy lấy người.