Sau khi xem xét các chứng cứ theo luật định, Hội đồng xét xử đã tuyên hủy Quyết định số 24/QĐ-KH, ngày 31/5/2017 của Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà về việc ấn định thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; buộc Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà Đoàn Đình Nhi thực hiện nhiệm vụ công vụ theo đúng quy định của pháp luật liên quan đến lô hàng 120 tấn đường của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Hoàng Nam Giang nhập từ Lào theo mức thuế suất quy định của pháp luật; tách yêu cầu bồi thường thiệt hại của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Hoàng Nam Giang để giải quyết bằng một vụ án dân sự khác theo quy định của Luật Tố tụng dân sự khi công ty này có yêu cầu.
Trước đó, ngày 14/6/2017, ông Ngô Hữu Lộc - Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Hoàng Nam Giang đã có đơn khởi kiện Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà Đoàn Đình Nhi về việc ngày 31/5/2017, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà ban hành Quyết định số 24/QĐ-KH ấn định thuế đối với lô hàng 120 tấn đường mà Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang nhập khẩu từ Lào.
Đây là một trong 4 mặt hàng thuộc danh mục hàng hóa áp dụng hạn ngạch thuế quan và lượng hạn ngạch nhập khẩu hằng năm thực hiện theo quy định của Bộ Công Thương. Trường hợp của Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang áp dụng mức thuế suất nhập khẩu là 80%.
Tuy nhiên, đại diện Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Hoàng Nam Giang cho rằng việc nhập khẩu 120 tấn đường từ Lào hội đủ điều kiện quy định tại khoản 2, điều 4, Nghị định 124/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ nên được hưởng thuế suất bằng 50% thuế suất thuế nhập khẩu ATIGA (50% x thuế suất 5% = thuế suất 2,5%).
Cũng trong đơn khởi kiện, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Hoàng Nam Giang còn yêu cầu bồi thường hơn 2,2 tỷ đồng do chi phí lưu bãi, hư hỏng hàng hóa, đền bù hợp đồng… cho đối tác vì đã không thực hiện đúng theo hợp đồng.
Qua tranh luận và xem xét các chứng cứ tại phiên tòa, Hội đồng xét xử đã áp dụng khoản 2, Điều 7; khoản 1, Điểm b, khoản 2 Điều 193 Luật Tố tụng hành chính năm 2015 và những quy định khác của pháp luật cũng như Hiệp định thương mại giữa Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và nước Cộng hòa dân chủ nhân dân Lào, tuyên án như trên.