Cùng ra trước vành móng ngựa với bị cáo Quốc Anh trong vụ án này còn có các bị cáo: Đỗ Thị Bích Thủy (sinh năm 1962, trú tại khu tập thể Tân Mai, phường Tân Mai, quận Hoàng Mai, Hà Nội; nguyên Phó Giám đốc Công ty vận tải Biển Đông) bị phạt 3 năm tù treo; Ngô Văn Nhuận (sinh năm 1970, trú tại phố Nhân Hòa, quận Thanh Xuân, Hà Nội; nguyên Phó Kiểm toán trưởng Kiểm toán Nhà nước khu vực 7) bị phạt 3 năm tù giam; Nguyễn Thị Lệ Thủy (sinh năm 1977, trú tại phường Trung Liệt, quận Đống Đa, Hà Nội; nguyên Thủ quỹ Công ty vận tải Biển Đông) bị phạt 2 năm tù treo về cùng tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Thực hiện chủ trương của Tổng Công ty Công nghiệp Tàu thủy Việt Nam về việc mở rộng khai thác và nâng cao năng lực cạnh tranh toàn diện trong lĩnh vực vận tải biển, Công ty vận tải Biển Đông đã được Tổng Công ty Công nghiệp Tàu thủy Việt Nam phê duyệt 5 dự án mua tàu, gồm có: Tàu Energy, tàu Victory, tàu Vạn Hưng, tàu Melody và tàu Biển Đông star.
Hồ Ngọc Tùng (nguyên Tổng Giám đốc Công ty tài chính TNHH một thành viên Công nghiệp tàu thủy - VFC) đã cùng với Bùi Quốc Anh, Đỗ Thị Bích Thủy, Ngô Văn Nhuận, lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong việc ký hợp đồng lập Báo cáo nghiên cứu khả thi (BCNCKT) dự án mua tàu cũ giữa Công ty vận tải Biển Đông với Công ty VFC để lập khống hợp đồng thuê Công ty TNHH Tân Minh Nguyệt làm thầu phụ, lập một phần báo cáo nghiên cứu khả thi dự án mua tàu Energy; ký khống 4 hợp đồng lập báo cáo nghiên cứu khả thi với Công ty TNHH Tân Minh Nguyệt trong việc mua tàu Victory, tàu Vạn Hưng, tàu Melody và tàu Biển Đông star. Các bị cáo đã sử dụng giấy tờ, hồ sơ giả mang tên Công ty TNHH Tân Minh Nguyệt để hợp thức hồ sơ thanh quyết toán, nhằm rút tiền tham ô và chi tiêu “ngoại giao”.
Bị cáo Đỗ Thị Bích Thủy khi đó là kế toán trưởng Công ty vận tải Biển Đông, đã làm trái chức trách nhiệm vụ được giao. Cụ thể Thủy đã giúp Ngô Văn Nhuận hợp thức hồ sơ trong dự án mua tàu Energy, lập khống hồ sơ thanh toán tiền cho Công ty TNHH Tân Minh Nguyệt trong chi phí lập báo cáo nghiên cứu khả thi các dự án mua tàu: tàu Victory, tàu Vạn Hưng, tàu Melody và tàu Biển Đông star; rút tiền để ngoài sổ sách, sử dụng chi “ngoại giao” không đúng quy định của Nhà nước, gây thiệt hại cho Công ty vận tải Biển Đông số tiền hơn 4,7 tỷ đồng. Thủy đã tự nguyện nộp lại Cơ quan điều tra 900 triệu đồng để khắc phục hậu quả.
Hội đồng xét xử đánh giá bị cáo Ngô Văn Nhuận (nguyên là Phó Tổng kiểm toán trưởng Nhà nước khu vực 7) có hành vi đồng phạm, giúp sức tích cực, đóng vai trò quan trọng, xuyên suốt trong quá trình phạm tội của các bị cáo, nên Nhuận phải chịu mức án cao nhất trong vụ án. Nhuận là người trực tiếp chuyển các hợp đồng khống của Công ty TNHH Tân Minh Nguyệt đến Công ty VFC và Công ty vận tải Biển Đông, cung cấp hồ sơ pháp lý, mở tài khoản, lập chứng từ, móc nối để hợp thức hồ sơ quyết toán, gây thiệt hại cho Công ty vận tải Biển Đông số tiền hơn 4,7 tỷ đồng. Trong đó, Nhuận hưởng lợi bất chính hơn 1,4 tỷ đồng, đã tự nguyện khắc phục hậu quả 740 triệu đồng, còn phải nộp lại số tiền gần 700 triệu đồng.
Đối với bị cáo Nguyễn Thị Lệ Thủy, với vai trò là thủ quỹ Công ty vận tải Biển Đông có hành vi cùng Bích Thủy lập 5 phiếu chi khống cho Công ty TNHH Tân Minh Nguyệt, tổng số tiền Thủy để ngoài sổ sách kế toán của Công ty vận tải Biển Đông là gần 2,1 tỷ đồng. Các bị cáo đã khai số tiền này được dùng chi “ngoại giao” đối với các cá nhân, cơ quan, tổ chức có quan hệ với Công ty vận tải Biển Đông.
Ban đầu, bị cáo Bùi Quốc Anh bị Viện kiểm sát truy tố về cùng tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” với 3 bị cáo còn lại. Tuy nhiên, tại phiên tòa, Hội đồng xét xử xác định bị cáo Bùi Quốc Anh sau khi ký hợp đồng, đã không kiểm tra, đôn đốc, giám sát… tạo điều kiện cho các bị cáo khác thực hiện hành vi phạm tội. Vì vậy, Hội đồng xét xử đã quyết định chuyển tội danh cho bị cáo Quốc Anh sang tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Hội đồng xét xử xác định: Các bị cáo vì động cơ vụ lợi đã lập khống hồ sơ thanh toán tiền báo cáo nghiên cứu khả thi để rút tiền chi tiêu “ngoại giao” trái pháp luật cho lợi ích cục bộ của Công ty vận tải Biển Đông, các nội dung chi tiêu quan hệ “ngoại giao” đều được phản ánh qua ghi chép, bút phê của lãnh đạo Công ty vận tải Biển Đông.
Đối với bị can Hồ Ngọc Tùng hiện đang bỏ trốn, Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an đã ra quyết định truy nã và tạm đình chỉ điều tra bị can đối với Tùng, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.