Ông Dũng bị khởi tố để điều tra về hành vi "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ". Các quyết định, lệnh của Cơ quan điều tra đã được Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hồ Chí Minh phê chuẩn.
Trước đó, Thanh tra Thành phố Hồ Chí Minh ban hành Kết luận số 11/KL-TTTP-P5 về việc chấp hành các quy định pháp luật tại Saigon Co.op, kết luận có dấu hiệu huy động vốn trái pháp luật và thâu tóm, chiếm đoạt tài sản tại Saigon Co.op. Sau đó, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy thành phố xác định ông Diệp Dũng với vai trò là Bí thư Đảng ủy, Chủ tịch Hội đồng quản trị Saigon Co.op đã chỉ đạo huy động tăng vốn trái pháp luật, tổ chức đại hội thường niên trái pháp luật, thực hiện công tác cán bộ trái quy định của Đảng và không trung thực với tổ chức khi có yêu cầu báo cáo.
Cuối tháng 8/2020, ông Diệp Dũng nộp đơn từ nhiệm; đến tháng 9/2020, Ban Thường vụ Thành ủy Thành phố có quyết định điều động ông Diệp Dũng đến nhận công tác tại Đảng bộ Công ty Đầu tư Tài chính Nhà nước Thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó, ông Diệp Dũng tiếp tục được điều động về công tác tại Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Xổ số kiến thiết Thành phố Hồ Chí Minh.