Cửa khẩu này đã phải tạm dừng hoạt động từ ngày 24/2/2022 do phía Trung Quốc triển khai nghiêm ngặt các biện pháp phòng, chống dịch COVID-19.
Ngay trong ngày đầu tiên cửa khẩu Bắc Phong Sinh chính thức thông quan trở lại, đã có 2 xe của doanh nghiệp Việt Nam nhập khẩu hàng tạp từ Trung Quốc qua cửa khẩu này.
Hoạt động xuất nhập khẩu được thông quan trở lại trong điều kiện 2 bên Việt Nam – Trung Quốc thực hiện nghiêm các biện pháp phòng, chống dịch COVID-19.
Trước đó, vào các tháng 4, 5 và 6/2022, các cửa khẩu, lối mở ở thành phố Móng Cái như cửa khẩu Cầu Bắc Luân 2, lối mở km3+4 Hải Yên và cửa khẩu Ka Long (thuộc cửa khẩu quốc tế Móng Cái) cũng đã được thông quan sau nhiều tháng tạm dừng hoạt động do ảnh hưởng bởi dịch bệnh COVID-19.
Thành phố Móng Cái đã chủ động xây dựng phương án kiểm soát dịch bệnh, đảm bảo “Vùng xanh an toàn” cho hoạt động thông quan hàng hoá qua các lối mở, cửa khẩu nhằm thực hiện nghiêm thỏa thuận phòng chống dịch giữa tỉnh Quảng Ninh (Việt Nam) và chính quyền nhân dân Khu tự trị dân tộc Choang Quảng Tây (Trung Quốc).