Trong báo cáo về thực hiện Nghị quyết về chất vấn và trả lời chất vấn tại kỳ họp thứ 2, Quốc hội khóa XIII của Bộ Tài chính mới đây có nêu: 9 tháng năm 2012, UBCKNN đã tổ chức 50 đoàn thanh tra, kiểm tra, gồm 22 đoàn thanh tra, kiểm tra công ty chứng khoán; 2 đoàn thanh tra công ty đại chúng; 5 đoàn kiểm tra giao dịch về thao túng giá chứng khoán;17 đoàn kiểm tra các công ty quản lý quỹ; 1 đoàn kiểm tra ngân hàng giám sát; 2 đoàn thanh tra công ty đại chúng; 1 đoàn kiểm tra công ty kiểm toán. Căn cứ vào kết quả thanh tra, kiểm tra, UBCKNN đã xử lý nghiêm các hành vi vi phạm, cụ thể trong năm 2011 và 9 tháng năm 2012 đã xử phạt 291 trường hợp với số tiền lên đến 20 tỷ đồng.
Đối với trường hợp CTCK vi phạm nghiêm trọng, UBCKNN đã tiến hành thanh tra, kiểm tra và tùy theo mức độ vi phạm đã xử lý kịp thời bằng nhiều hình thức như xử phạt vi phạm hành chính, đình chỉ hoạt động lưu ký (thực chất là dừng hoạt động môi giới) và thanh toán bù trừ để bảo vệ quyền lợi khách hàng, đưa vào diện kiểm soát đặc biệt, chuyển tài liệu cho cơ quan công an để xem xét, xử lý... Đối với việc “bán khống”, UBCKNN đã kiểm tra và xử phạt Công ty cổ phần chứng khoán Đại Nam cho khách hàng vay chứng khoán để bán; người hành nghề, nhân viên môi giới của Công ty cổ phần chứng khoán TP Hồ Chí Minh đã cho khách hàng mượn chứng khoán trên tài khoản của khách hàng khác để bán. Song song với việc xử phạt bằng tiền, UBCKNN đã rút vĩnh viễn giấy phép hành nghề của nhân viên tham gia vào việc cho vay, mượn chứng khoán giữa các nhà đầu tư.