Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Chủ tịch Hội đồng thẩm định; Thứ trưởng Bộ kế hoạch và Đầu tư làm Phó Chủ tịch Hội đồng.
Ủy viên Hội đồng thẩm định là lãnh đạo các cơ quan: Văn phòng Chính phủ; Bộ Giao thông vận tải; Bộ Tài chính; Bộ Xây dựng; Bộ Tài nguyên và Môi trường; Bộ Quốc phòng; Bộ Công an; Bộ Khoa học và Công nghệ; Bộ Ngoại giao; Bộ Tư Pháp; Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Bộ Thông tin và Truyền thông; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; UBND Thành phố Hồ Chí Minh. Cơ quan thường trực Hội đồng là Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Trách nhiệm, quyền hạn của Hội đồng, Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các thành viên Hội đồng, Cơ quan thường trực Hội đồng và Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành được thực hiện theo các quy định tại Nghị định số 131/2015/NĐ-CP ngày 25/12/2015 của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia.